据记载，最早发现并登上这座岛的人是印第安人。但是第一个记录这个岛的是西班牙人胡安•曼努埃尔•阿亚拉（Juan Manuel de Ayala）。1775年，他在绘制圣弗朗西斯科海湾地图时，将该岛命名为阿尔卡特拉斯岛（Alcatraz Island）。因为这里是鹈鹕的栖息地，而在西班牙语中“Alcatraz”的意思就是“鹈鹕”。1846年，在墨西哥政府的命令下，一个名为朱利安•沃克曼的人在岛上建立了一座灯塔。1850年，美国从墨西哥手上收购了该岛屿，并将其设为美国联邦特别军事预留基地。1861年美国内战爆发时，阿尔卡特拉斯岛成为了重型军事基地。由于地理四面环海，上了岛的人很难逃脱，于是这里演变成了军事囚犯的拘留所。1934年，这里正式成为联邦监狱，专门用来关押重刑犯。后来，由于无法负担高昂的日常开销，加上海水中蒸发的盐严重腐蚀了岛内的建筑，联邦监狱于1963年3月21日正式关闭。到了1970年代，为抗议一些与印第安人相关的联邦政策，美国本土印第安人占领了阿尔卡特拉斯岛。1971年6月11日，占领活动结束。1972年，阿尔卡特拉斯岛作为一个景点对公众开放，并延续至今。