澳门海事博物馆1987年建成，展览大楼在1990年正式开馆。
博物馆就像一艘扬着白帆的三桅船，停泊在妈阁庙前。地下的展厅主要介绍中国南部及澳门渔民的生活情况。展品包括各种中式帆船、内港鱼栏、说明各种捕鱼的方法┅┅在这里，无论大人还是小孩都会被"妈阁庙的故事"这个活动舞台吸引，它把妈祖保护人们安全到达濠镜海港的美丽传说生动地呈现在观众的眼前。
博物馆分海事民俗展览厅、历史展览厅、技术展览厅、水族馆四个区域。一楼墙上有一幅巨型瓷砖画，刻画着各种罗盘方位标。海事历史展览厅能看到地理大发现时期葡萄牙航海家使用的船只模型。另外还有一座17世纪澳门的立体模型，旁边展柜还有考古所得的沉船残件，一窥水下考古的奥秘。
上到二楼，可以看航海技术、海上交通等的展览，有八分象限仪、望远镜、罗盘等航海仪器，模拟展示了澳门航道的夜景。在北半球天空模型下，可以体验夜航看星宿，体会观星对航海的重要性。
博物馆内还有一个拥有4个水族箱的水族馆，分别展示淡水河流、海港水域、珊瑚礁、深海沉船的水滴环境，聚集着色彩斑斓的海洋鱼类和种类繁多的贝壳。另外，即使不会游泳，也可以进入深海探秘，只要进入位于露天茶座内之"海底漫游"模拟器，便可进入一个惊险刺激之深海旅程。
博物馆提供葡语、国语、粤语和英语的旁白供选择。