澳门仁慈堂博物馆位于澳门议事亭前地旁边的仁慈堂大楼内，上澳门慈善机构仁慈堂的物业。仁慈堂博物馆于2001年12月14日正式揭幕，展品大部份来自仁慈堂值理会主席飞安达的私人珍藏。其中不乏天主教会珍贵的宗教用品，直接反映了天主教在亚洲地区传教时的历史。
仁慈堂有着优雅乳白色欧陆风格建筑，是18世纪中叶由贾尼劳主教创建。这座上有白色三角楣，下有淡黄色拱廊的仁慈堂，不仅是澳门最早的社会慈善机构，还开办了中国第一间西式医院——白马行医院，是战乱年代澳门慈善人士为当地穷人施粥赠药的地方。
仁慈堂博物馆的珍藏包括:印有耶稣会徽号的陶瓷器皿、白马行医院的铜钟、天主教的一些祭器用品和圣像等文物。这些历史文物都反映了天主教在亚洲活动与其衍生的文化特色。另外，仁慈堂博物馆还存放了仁慈堂创建者贾耐劳(澳门天主教第一任主教)的全身画像、头颅遗骨和陪葬品十字架。
其中最珍贵的展品当属用玻璃柜严加保护的《澳门仁慈堂章程》的手抄本原件。这也是仁慈堂现存最早期也是保存最好的历史文献，对于研究仁慈堂和澳门的历史发展有着重要的意义。