科普特博物馆（Coptic Museum）于1910年正式开放，是一座专注于收集和展示埃及基督徒——科普特人（Copts）历史与宗教文化的博物馆。馆内藏品数量超过1.6万件，涵盖画像、服饰、手稿、壁画等，是全球规模最大的科普特主题博物馆。
科普特人（Copts）是指公元1世纪时信仰基督教的古埃及人后裔，在埃及总人口中占比约10%。科普特艺术既包含由科普特人创作的艺术作品，也包括在基督教早期创作的埃及艺术品。
科普特博物馆的创始人是政治家 arcus Simaika，他曾主持修复古代科普特教堂，期间收集了大量文物。1908年，Simaika 从科普特东正教会教皇 Cyril V 手中购买了几件14-15世纪的银制文物，并向教皇提议建立一座博物馆，将这些藏品收归教堂所有。
在 Cyril V 的支持下，Simaika 前往多座教堂和修道院征集藏品，并获得埃及皇室和许多政治家的捐赠，博物馆于1910年正式开放。
1930年，埃及国王 Fuad I of Egypt 将科普特博物馆收归国有，任命 Marcus Simaika 为博物馆馆长。1939年，原属于埃及国家博物馆（Egyption Museum）的科普特文物被运往科普特博物馆，自1944年起在新建成的西翼展厅展出。
科普特博物馆位于尼罗河东岸巴比伦要塞（Babylon Fortress）的围墙内，围墙的历史可追溯至公元1世纪，埃及最古老的科普特东正教教堂悬空教堂（the Hanging Church）也建立在这里。
博物馆总面积约8000平方米，共收藏有1.6万件文物和艺术作品，其中约1200件藏品公开展出，按照时间顺序呈现埃及基督教时期（约公元300-800年）的历史，以及科普特文化与古埃及、希腊罗马和伊斯兰文化之间的相互影响。
博物馆藏品涵盖神像、墓碑、雕塑、木制品、金属制品、纺织品、壁画等类型，大部分以《圣经》内容为主题，例如举起双手的祷告者墓碑；圣母玛利亚哺育耶稣浮雕等。博物馆还收藏了约6000份纸莎草手稿，其中最重要的一份是公元3世纪写成的拿戈玛第经集（Nag Hammadi library）。