赫拉克莱冬博物馆的创始人是希腊收藏家 Paul Firos 夫妇，他们于2004年在 Herakleidon 街16号建立一座私人博物馆，展示他们收藏的艺术作品。
成立初期的博物馆专注于视觉艺术领域，呈现艺术家们的工作和生活；在之后的几年里，Firos 夫妇逐渐将博物馆的主题扩展至科学领域，努力实现艺术与科学的结合。2014年建馆十周年之际，博物馆在 Ap. Pavlou 街37号开设一座分馆，用于举办临时展览。
赫拉克莱冬博物馆的主要目标是为参观者提供科学、艺术和数学教育，通过藏品陈列、互动装置和教育活动宣扬艺术文化与科学精神。是一座互动式科普教育中心，主要为希腊青少年提供科学、艺术和数学教育。
Herakleidon 街的主馆设有两个常设展。我玩，我理解是一个针对儿童的互动式展览，每周日开放，介绍基础性的科学及数学知识，回顾从古希腊至今的科学发展史。
从艺术美学到数学逻辑展出两位艺术家 MC Escher 和 V. Vasarely 的约65件视幻艺术（Optical art）作品，探索几何学在艺术中的呈现。
博物馆近年有两个重要展览，一个是中国古代科技展，另一个是希腊的造船术与航海术，讲述了从古代到现代希腊人民在造船方面的历史发展和中国的古代科技各方面的发展。在这两大展览里面可以向大家科普中国古代的先民智慧结晶，向世界了解中国提供了一个良好伟大的平台，促进世界对中国的了解。