微生物博物馆（Micropia）成立于2014年，是全球第一家专门介绍和研究微生物的博物馆，主要目的是向参观者普及微生物相关知识，并激发青少年对微生物的兴趣。微生物博物馆所在建筑名为「Ledenlokalen」（会员楼），最初由荷兰建筑师 G. B. Salm 1870年为阿提斯皇家动物园（Natura Artis Magistra）设计，建筑位于动物园入口右侧。2003年，阿提斯皇家动物园园长 Haig Balian 提出「成立一座微生物博物馆」的设想，并在荷兰文化遗产局等机构的帮助下于2014年启动「Ledenlokalen」改建计划，将其作为博物馆的建筑场馆。
微生物博物馆类似一个大型的互动式实验室，注重参观者的亲身体验。馆内陈列着上千个玻璃培养皿，其中生活着约700种微生物，这些微生物的种类按照演化先后来排序，参观者可以借助显微镜来观察它们。以无数个球状物组成的人偶是微生物博物馆的标志，象征着微生物与人类密不可分的关系。博物馆从人们熟悉的日常生活出发，通过影片、展板、实验、幻灯片、立体投影和各类互动式装置介绍微生物的知识。例如特制的微生物扫描仪可以显示参观者身体上的微生物分布，「Kiss-O-Meter」装置则显示在一次接吻过程中二人交换的微生物数量等。此外，一楼大厅里陈设着荷兰科学家列文虎克（Antonie van Leeuwenhoek）最高级显微镜的复制品，1670年代他使用自制的显微镜第一次发现了微生物的存在，被尊称为「微生物学之父」。