卡尔莫考古博物馆（Carmo Archaeological Museum）创建于1864年，位于里斯本卡尔莫修道院遗址，是葡萄牙第一座考古学博物馆，致力于保存在19世纪初的战争中受损的国家文化遗产。
卡尔莫修道院（Convento do Carmo）建于1389-1423年，是一座典型的天主教哥特式修道院，曾被视为里斯本的城市象征。1755年11月1日里斯本发生大地震，震级达8.5-9.0级，修道院几乎完全被摧毁。
震后第二年，修道院开始缓慢重建。1834年葡萄牙政府宣布将所有修道院财产收归国有，重建进程也因此终止，修道院废墟本身成为大地震的纪念碑，部分建筑被改造为军事设施。
1864年，政府将修道院建筑捐赠给葡萄牙考古学家协会，改造成该国的第一座艺术与考古主题博物馆。20世纪初，修道院建筑获得部分修复与重建；1995年由于附近地区建设地铁，博物馆对建筑结构进行全面升级改造，2001年重新对外开放。
卡尔莫修道院曾是里斯本最具代表性的哥特式教堂建筑之一，1755年大地震留下的废墟迄今仍然保存在庭院中，亦有部分重建结构为新哥特式风格，参观者得以直接欣赏中世纪以来的哥特式建筑特征演变。
19世纪初，葡萄牙相继爆发半岛战争、自由革命和内战，卡尔莫考古博物馆致力于保存在这些军事冲突中受损的国家文化遗产，尤其以建筑部件、雕塑、瓷砖和武器为核心，馆内还收藏有葡萄牙许多考古遗址出土的文物，最古老的藏品可追溯至石器时代。
馆内最重要的藏品是葡萄牙国王斐迪南一世（Ferdinand I，1345-1383）的哥特式石棺，这具石棺原本存放在圣塔伦市的一座修道院，半岛战争时期被法国入侵者破坏，国王的遗骨也下落不明，1875年石棺的残存部分被运至博物馆。
其他重点展品还包括一批美洲前哥伦布时期的陶器和木乃伊，卡尔莫考古博物馆是葡萄牙唯一一家永久展出南美木乃伊的博物馆。