布拉格市博物馆成立于1881年，主要收藏与布拉格史前史、城市历史、市民生活相关的考古出土文物，藏品数量超过60万件。
1877年，布拉格副市长 Otakar Antonín Zeithammer 在演讲中提及布拉格文物走私问题，建议专门成立一座博物馆，用于保管城市历史文物。1881年，布拉格市博物馆永久委员会成立，主要负责收集和保存与布拉格城市历史和市民生活相关的古物，并为博物馆寻找一处合适的陈列场馆。布拉格市博物馆最初以市政厅档案室隔壁的一个房间作为藏品储存室，1882年起将布拉格新城区和卡林区边界的一个咖啡展亭作为临时展馆，1883年5月12日正式对外开放。随着藏品扩充，咖啡展亭极为有限的空间无法满足博物馆的展陈需求。1896年博物馆新馆开始建造，4年后正式开放。
布拉格市博物馆是一座两层的新文艺复兴风格建筑，中央建筑为带有主楼梯的门厅，左右两个侧翼为展厅。常设展以时间为序，分为史前时期、中世纪、中世纪与现代之交、巴洛克时期，回顾不同历史时期的布拉格发展历史。
馆藏超过60万件（套）考古发掘文物，包括石器、骨器、陶瓷、玻璃器、金属器等，来自波西米亚、布拉格市、奥洛穆克州、乌斯季州以及中欧地区。除了史前时期的出土文物，博物馆还收藏了布拉格的城市历史文物，记录当地人自中世纪迄今的日常生活。
最重要的展品是一件1:480的布拉格城市模型，由布拉格大学图书管理员 Antonín Langweil 制作于1826-1837年，重塑超过2000幢历史建筑与城市遗迹，还原了19世纪末至20世纪初城市重建之前，老城区、小城以及布拉格城堡的风貌。