1521年，麦哲伦航队穿越太平洋时发现做了一个群岛，就是现在的菲律宾群岛，同年4月，麦哲伦在当地一首领的带领下正式进入宿务岛。对于当地人民来说，麦哲伦这个名字并不陌生。宿务岛上的基督教信仰最初就是麦哲伦传播的，但是很不幸的是宿务岛的战争也是麦哲伦带来的，乃至以后菲律宾被西班牙统治三百多年的根源也来源于他。
后来漫长的岁月中，僧侣们为十字架兴建了一个露天开放式的圣坛。起初当地人相信十字架具有神圣力量，于是木制十字架的表皮被人们纷纷刮下，带回家供养或泡水喝，当地人认为用表皮的木屑泡水喝可以包治治病。
之后教徒们为了保护十字架这座历史文物，建造了一座亭式的屋子专门用来存放它，甚至打造了一个深咖色的空心外框把它包藏在内，这就是我们现在所看到的六角形小屋。
屋内穹顶天花板上的壁画，保留着当年的原貌，色彩非常艳丽逼真，其内容就是当年麦哲伦登陆宿务岛时，随船神父为第一批菲律宾天主教徒举行施洗仪式传教的场景。
到了如今，麦哲伦十字架已经成为无数人们信仰，每逢星期日的早上，便有许许多多的善男信女带备香烛，来到十字架前虔诚地祈求平安好运，十字架下面整齐的排列的各色蜡烛，每一只都承载着信徒的愿望。